1.自身带有染色体结构性异常或患染色体疾病的孕妇。如孕妇本身的染色体为嵌合体型、易位型、微缺失、微重复等; 2.非单胎的染色体异常及孕妇本人为“非整倍体畸变”者; 3.孕妇孕周推测不准，或孕周过小，会影响检测结果的准确性; 4.多胎妊娠孕妇。由于各个胎儿的DNA不一致，会导致检测结果有一定的偏差。 5.孕妇前期接受过异体输血、移植手术、干细胞治疗等，会引入外源DNA，影响检测结果。
