A、基因工程中构建基因表达载体时，需要用限制酶切割含有目的基因的外源DNA分子和运载体，还需DNA连接酶将目的基因和运载体连接起来，因此基因工程中用修饰改造基因的工具是限制酶和DNA连接酶，A正确；B、DNA水解酶不是基因工程的工具，B错误；C、运载体的作用是将目的基因导入受体细胞，而不是修饰改造基因，C错误；D、运载体的作用是将目的基因导入受体细胞，而不是修饰改造基因，D错误．故选：A．
