杆菌是从细菌细胞的形态角度对细菌进行的分类，还有球菌、螺旋菌等。而革兰氏阴性阳性是从对细菌进行革兰氏染色后，染色结果的差异角度对细菌进行的分类。从革兰氏染色的机理可知，两类细菌的差异主要体现在细胞壁结构不同。与细胞形态没有必然联系。至于革兰氏阳性菌有哪些，可以看他的细胞壁结构，如果细胞壁结构90%以上为肽聚糖且无外膜层则为阳性菌。
杆菌也不一定都是阴性菌，比如枯草芽孢杆菌就是阳性菌。阳性菌有全部的真菌，放线菌等。
