内毒素是革兰氏阴性菌细胞壁(cell wall)上的特有成分，主要是脂多糖中的类脂A，在细菌被裂解时被释放出来，由于其化学结构和特性，在质粒的纯化过程中很容易混入质粒DNA一同提取出来。内毒素的存在会严重的影响质粒转染细胞的效率
