S1线串联了高新区、姑苏区、工业园区、昆山、太仓以及太仓港,全长95.1公里,设站27座,并和苏州城市轨道交通1、2、3、4、5、7、8号线形成换乘。S2线起自园区,沿中新大道往胜浦方向,最后到达昆山南部,线路长42公里,设站14座,在工业园区规划与苏州城市轨道交通1号、3号、6号、8号线形成换乘。
其中,S1线西起高新区建林路,经马涧路、湘江路、华山路、西园路、留园路、桃花坞大街、西北街、东北街至外城河向东南折向三星路,继续向东沿现代大道东西贯穿苏州工业园区,跨京沪高速公路后折向北沿新城路跨沪宁通道,经沪宁城际阳澄湖站,向东沿马鞍山路、昆太路至太仓,经上海路、康福路、飞沪路、禅寺路、长江大道至太仓新城,全长95.1公里,设站27座,平均站间距3.66公里。同时考虑预留向西延伸至东渚、镇湖。该线在苏州城区范围规划与苏州城市轨道交通1、2、3、4、5、7、8号线形成换乘。
S2线是沪宁通道南侧轨道交通加密线路,强化沪宁通道南侧东西向联系。线路北起沪宁城际苏州工业园区站,沿沪宁城际与G312之间通道向东,在吴巷附近向南,转入南施街,而后于苏胜路口向东,经苏胜路、元丰路、振新路、白灵路、绿地大道、逢明路至昆山花桥,与已开通的上海地铁11号线无缝对接。线路长42公里,设站14座,平均站间距3.23公里。该线在工业园区规划与苏州城市轨道交通1号、3号、6号、8号线形成换乘。