东莞市玉兰中学前身为莞城第二中学,创建于1971年，由原来的人民小学改建而成，1982年10月搬迁到莞城，确立以“人文，育才，爱生”为核心的教育理念。
1995年学校划归市教育局管理，成为市直属完全中学。2004年东莞市政府决定对部分市属学校布局进行调整和资源升级，将莞城二中搬迁至新校区（原东莞师范学校校区），并确立以“感恩”为核心的新的教学理念，代替原有的“人文”核心。
2002年职高部被破格升格为普高，保留原有师资；并开始在第一，第二批次招生。
2005年10月市政府对部分学校进行更名，莞城二中的候选名有【东莞市育才中学、东莞市第二中学、东莞市东纵纪念中学、东莞市玉兰中学、】市政府最终决定更名为东莞市玉兰中学，2005年12月被评为东莞市一级学校。
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