1987年，麻阳河国家级自然保护区建立，隶属沿河土家族自治县林业局管理。
1994年，经贵州省人民政府批准晋升为省级自然保护区，隶属省林业厅管理。
2002年，经贵州省人民政府批准，遵义市务川仡佬族苗族自治县锯齿山黑叶猴自然保护区归并麻阳河省级自然保护区。
2003年，经中国国务院批准晋升为国家级自然保护区。
2004年，加入中国人与生物圈保护区网络。
2005年，经贵州省人民政府《省长办公会议纪要》明确，贵州麻阳河省级自然保护区管理局更名为贵州麻阳河国家级自然保护区管理局；为省林业厅直属正县级事业单位；核定事业编制30人，所需人员经费由省财政实行全额预算管理。
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