一、引物(上、下游)
PCR反应中的寡核廿酸引物至少应含有玲个与DNA模板序列完全互补的核酸.长达20一24个核普酸,这样才能保证扩增反应的特异性。低温冷却液循环泵寡核昔酸引物在NCR反应中的浓度通常是。.t一1.OlumWL,这一浓度足以完成30个循环的扩增反应。浓度过高会引起模板与引物的错配,影响反应的待异性,同时使形成引物二聚体的概率增大,而且非特异产物和引物二聚体可与摸板竞争使用酶、引物和dNTP等,从而导致产量的下降。反之,若寡核普酸引物浓度过低,会导致PCR效率的降低。
二、DNA模板
DNA摸板亦称为靶序列。它既可以是单链DNA.也可以是双链DNA,闭环DNA校板的扩增效率略低于线状DNA,因此用做模板时最好先将其线状化。DNA模板不能混有蛋白酶、核酸酶、DNA聚合醉抑制剂以及能与DNA结合的蛋白质等。在一定范围内、PCR的产物随DNA模板浓度的升高而显著增加,但模板浓度过高会导致反应的非特异性增加。为保证反应的特异性,基因组DNA做模板时可用lmol左右,质位DNA做模板时用10ng左右。
三、缓冲液
BUFFER 作用主要是稳定PCR过程中的PH。用于PCR的标准级冲液的主要成分,其中二价镁离子的存在与否至关重要。镁离子浓度可直接关系DNA聚合敌的活性和DNA双链的解链温度,因此对反应的特异性及产证有显著影响。镁离子浓度过低会使DNA聚合酶活性降低、PCR产率下降;镁离子浓度过高则影响PCR反应的特异性。钱离子的最佳作用浓度为1.5一2.0~,肠由于镁离子可与缓冲液中的鳌合剂(如EDTA)以及带负电荷的丛团(如磷酸根)结合.因此反应中游离的镁离子浓度取决于反应液中dN]P和EDTA的浓度。
四、DNA聚合酶
最早的PCR是采用大肠杆菌DNA聚合酶.的Kl}片段催化退火的寡核昔酸引物在DNA模板上进行延仲反应。由于该酶会在DNA变性的拟度下失活.所以在每一轮合成反应中都必须新加人一份酶。这种反应在扩增小片段DN州《200bp)时效果尚可,但对于扩增更长的目的DNA则结果不够理想。同时这种反应的产率通常较低,产物的大小也不均一。耐热DNA聚合酶的应用使这些问题迎刃而解。耐热DNA聚合酶在951C下持续温育仍能保持活性,因此寡核节酸引物的退火和延仲可以在更高的温度下进行,使引物与校板的误配大大减少,扩增反应的特异性和产率大大提高,而更长的扩增产物也得以生成。现已发现多种耐热DNA聚合酶,其共同特点是在高温下仍保持一定的酶活性甲但其他性能有一定的差别。
五、Mg离子
Mg离子的作用主要是 dNTP-Mg 与核酸骨架相互作用 并能影响Polymerase的活性,一般的情况下 Mg的浓度在0.5-5mM之间调整,同样要记住的是在调整了dNTPs的浓度后要相应的调整Mg离子的浓度。Mg2+离子浓度对PCR扩增效率影响很大,浓度过高可降低PCR扩增的特异性,浓度过低则影响PCR扩增产量甚至使PCR扩增失败而不出扩增条带。
PCR需要DNA聚合酶,而DNA聚合酶的活性是需要镁离子的。很多的酶活性都需要不同的金属离子的辅助。