国家食品药品监督管理总局与国务院药品监督局不完全是同一机构。因为新组建的国家食品药品监督管理总局不但包括原国务院药品监督局的职能，还增加了监管食品流通的职能（原工商监管）、监管食品生产的职能（原质监监管）、监管餐饮服务职能（卫生监管）。现在食品药品监督管理部门80%以上的工作量是从事食品的监管，药品监管最多只占10%。
没有国务院药品监督局这个机构,只有国家食品药品监督管理局
国家食品药品监督管理总局（CFDA）是国务院综合监督管理药品、医疗器械、化妆品、保健食品和餐饮环节食品安全的直属机构，负责起草食品（含食品添加剂、保健食品，下同）安全、药品（含中药、民族药，下同）、医疗器械、化妆品监督管理的法律法规草案，制定食品行政许可的实施办法并监督实施，组织制定、公布国家药典等药品和医疗器械标准、分类管理制度并监督实施，制定食品、药品、医疗器械、化妆品监督管理的稽查制度并组织实施，组织查处重大违法行为。
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