腐植酸是从煤炭中提取的天然大分子芳香族酸类，而氨基酸是用含蛋白质的动物蛋白（如废毛发、鸟蛋等）经水解后生成的一类含氮的脂肪酸类，组成结构差异很大。但农业上应用的效果都有一定特色，包括提高肥效、改善作物品质、提高养分利用率、促进增产、减少毒性和污染等，都有较明显效果。二者相比之下，腐植酸类肥料的绿色环保效应要更好些。
