首先，两者都是物象分离的手段。离子交换层析是根据不同离子与层析材料间的静电力不同，而达到分离的目的。所用介质不一定为水环境。疏水层析是根据分离物的疏水作用力不一样，脱离时间的差异而进行分离。根据所分离的材料特性（离子？疏水物？水溶性？）来选择分离手段。
结合的作用力就不一样啊离子交换层析是根据静电力不同而达到挂柱和洗脱的效果而疏水层析是因为不同的物质与填料的疏水作用力不一样，洗脱时间不同，而达到分离的效果
