据我自己的经验，这种情况往往是由于操作不当引起，可能有如下原因：
1，菌体量可能过大，裂解不充分，或裂解液与中和液比例不适当；（调整菌液量或缓冲液量）
2，混合时过于剧烈，可能会带来基因组DNA片段的污染；（轻柔混合）
3，Rnase失活，可能带来RNA污染；（换Rnase）
4，离心不充分（有絮状物在上层），或在离心后吸取上清时，将沉淀吸入，会带来蛋白质污染。（加大离心时间及转速，操作时避免吸入沉淀或表面絮状物）
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若有疑问，欢迎继续讨论，纯属手打，希望采纳，祝愉快！
按照说明书的要求来，咋会出问题？
弄这么多次，最多是量少点，纯度从来没问题。
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