农业部农产品质量安全中心内设办公室、审核处、监督处、技术处、地理标志处五个职能部门，下设种植业分中心、畜牧业分中心和渔业分中心。建有全国无公害农产品认证专家评审委员会和农产品地理标志登记专家评审委员会，省级各农业、畜牧、渔业、农垦主管部门设有66个工作机构（省级农产品质量安全中心、无公害农产品管理办公室，农产品地理标志管理办公室），委托认可有181个无公害农产品检测机构和210个环境检测机构。 受理渔业相关产品生产单位和个人提出的认证申请，并组织检查员对认证产品进行型式和文件审查，并出具审查意见上报中心；组织对申报产品的现场检查，出具现场检查报告；下达产品抽检任务，审查产品检验报告；负责提出渔业产品认证工作计划及规划，并负责认证产品的统计工作；承担或参与有关无公害农产品标准的制定；配合中心监督和管理渔业相关产品认证标志的使用；配合中心监督、检查渔业检测机构工作质量；协助中心做好无公害农产品的宣传工作；协助中心做好认证检查员资质认可和业务指导工作；协助中心开展培训工作；完成中心下达的其它任务。
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