自养型微生物一般指以二氧化碳作为主要或唯一的碳源，以无机氮化物作为氮源，通过细菌光合作用或化能合成作用获得能量的微生物。所以一般有化能自养型和光能自养型。其中光能自养型的微生物都能够合成感光的蛋白质，有些细菌是利用细菌叶绿素，有些是利用类似视紫红质的蛋白。
