截至2013年，左云县辖3个镇、6个乡。
3镇：云兴镇、鹊儿山镇、店湾镇
6乡：管家堡乡、张家场乡、三屯乡、马道头乡、水窑乡、酸茨河、小京庄乡。
1993年至2001年，左云县设管14个乡镇，276个行政村。
2001年撤并为9个乡镇233个行政村。其中：撤销威鲁乡，其行政区域并入管家堡乡；撤销陈家窑乡、汉圪塔乡，其行政区域并入三屯乡；撤销杨千堡乡，其行政区域并入张家场乡；撤销酸茨河乡，其行政区域并入小京庄乡；将原城关镇更名为云兴镇。
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