生产者可因地制宜选用不同原料生产二级种。用玉米、高粱、谷子均能生产杏鲍菇和白灵菇二级种。在浸泡时间上，因玉米颗粒较大，需浸泡48小时，在夏季为防止酸败，在水中需加1%石灰。高粱与小麦浸泡时间相当。谷粒较小，可直接上锅煮，蒸的程度与小麦一样，既不破皮开裂，又没生心。其他工序与麦粒菌种制作相同。
