对于真核生物来说，虽然其染色体多为线形分子但其DNA均与蛋白质相结合，两个结合点之间的DNA形成一个突环(loop)结构，类似于CCC分子，同样具有超螺旋形式。超螺旋按其方向分为正超螺旋和负超螺旋两种。真核生物中，DNA与组蛋白八聚体形成核小体结构时，存在着负超螺旋。
在生物体内，所有催化反应的酶都有立体选择性，保持一定比例的负超螺旋有利于某些反应的进行，。
存在一定量的负超螺旋分子可以为DNA复制过程中解链提供能量，并且解链越到中间需要能量越多
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