增值税专用发票不认证抵扣，当然可以。在实际操作中，很多纳税人取得增值税专用发票后，先全部认证抵扣，然后在对照增值税暂行条例及实施细则的规定，在作进项税额转出。这样避免“缺联发票”的麻烦：因为发票不认证，存在一个问题，那就是缺联：国家税务总局增值税稽核系统中有发票联信息（通过开票单位抄报税上传），没有抵扣联信息（购买方不认证，没有抵扣联信息上传），次年6月底前，国家税务总局发布缺联发票信息，由购买方税务机关查明未认证抵扣原因。
