首先要去除低质量的序列，这个一般测序公司已经给你做好了，软件SolexaQA。然后回来你可能要校正错误序列，软件SEECER。这时候你的fastq文件就变成fasta了。然后你拼接序列啊，用Triity，拼好后可以进行blast比对，看有没有匹配。还可以用blast输出的文件做blast2go，得到GO号，做GO的注释，KEGG pathway分析。还有进行差异表达基因的分析分等等，我现在说的是没有参考基因的转录组数据处理。还有有参考基因的，那个不用从头组装，把你的序列和参考基因比对就行。要往具体了说就太多了，我可以给你一些资料。
首先您做的事芯片呢？还是转录组测序呢？
芯片我不是太了解，可能是封闭系统，目前看对于发现新转录本不是很有利。
若是做转录组测序，首先去除污染序列，然后片段重叠。然后将将每一个read定位到基因组，取得GO值，功能注释，转录水平评估，功能富集及pathway分析，若对新发现的转录本感兴趣还可以做转录本的功能预测及细胞定位。希望有高手来评价---说的不对的尽管指出。OVER.
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