气相色谱-质谱得到的谱图数据是三维的，即峰强度（峰高），时间，质谱图。
一般做定量分析时，先要确定你待测物质的分析条件，使分离物质能够较好的单一分离出来，得到较好的色谱峰，同时确定峰的保留时间。
做未知样品时，找到待测物质的保留时间处的峰，对峰面积积分，进行定量分析。同时得到该峰的质谱图，与标准谱库检索对照，如果质谱图的离子碎片大小，高度，都基本相同，即可确定为该物质，即定性。
应用：
质谱技术能快速而极为准确地测定生物大分子的分子量，使蛋白质组研究从蛋白质鉴定深入到高级结构研究以及各种蛋白质之间的相互作用研究。由于质谱分析具有灵敏度高，样品用量少，分析速度快，分离和鉴定同时进行等优点，因此，质谱技术广泛的应用于化学，化工，环境，能源，医药，运动医学，刑事科学技术，生命科学，材料科学等各个领域。
以上内容参考：百度百科-质谱
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