植物园土壤多数系黄壤类和紫色土壤两大类，并有少量的松砂土分布。梅桂园多数为重壤土，少数为松砂土，兰园为中烁质中壤土或重壤土，黄山和大金鹰周围多为烁质中壤土。黄壤土中包括砂质黄色中壤土和土质黄色重壤土。参考重庆园林科研所对南山植物园的理化性质分析，植物园土壤PH值为4.5左右，酸性土。土层厚为 0-20cm，水份为 0.7-4.17%，有机质为 2.41-4.94%，碱解 P（PPM）120-220,速效 P （PPM） 13-31，速效 K（PPM） 95-126，孔隙度多在 31-37%。
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