基本上没有区别从语气上说 返信が遅れて、本当に申し訳ございませんでした。 过去时态,对已经发生的事情非常过意不去, 返信が遅れて、本当に申し訳ございません对现在做出的动作,或即将要进行的动作,请求原谅,语气不如上面句子诚恳
前者比后者更有礼貌、情感更丰富而已就相当于 ありがとうございます与ありがとうございました一样