为什么农民工的工钱被克扣，农民工请律师打官司，要付律师费？

呵呵 楼主的问题，在我刚学法律的时候我也思考过，不在这里我需要给你说明有下我自己的观点：
在诉讼过程中，你主要发生两笔费用，一个是诉讼费，即交给法院的，你向法院提起诉讼，法院为你做出判决，他们的劳动用的是纳税人的钱，所以你需要交出一定的费用进行必要的补偿，这是合情合理的。当然了，如果你赢了官司，这笔钱你可以要求对方承担的，法院也会这么判决的。因为这是对方的过错导致的，所以由对方承担比较合理。
另一笔费用就是代理费，这笔钱必须由你自己来承担，原因如下：虽然原告或被告的原因，导致你卷入这场官司，但你可以不请律师啊，你可以自己去为自己辩护，这样你就不用支付代理费用了，但就是因为你自身的知识掌握限度问题（这里不是说你没知识，只不过每个人掌握的知识都不同罢了），你觉得如果不请律师，你可能会输掉这个官司，所以你需要聘请专业的律师来为你辩护，那么你就必须支付给律师一定的酬劳。就是这个原因了，不知道楼主想通了没有。呵呵
关键一句话，并不是每个诉讼都必须要由律师代理的，自己也可以辩护，这当然是不用什么费用，你请律师的行为并不是原告或被告所引起的结果，只是个人所掌握的制度有限的问题，所以这笔费用和原告或被告无关，不能要求对方来承担。
最后，告诉楼主，现在中国还有个“法律援助”的政策，你完全可以去试试，免费的。