转入质粒的原理：质粒上连的片段转录后能够自身互补形成双链（shRNA），在细胞内被细胞自己剪切成siRNA。
两种转染方法在功能上是一致的。但是siRNA转染以后发挥作用的时间较短，用于短期抑制试验（一般维持一周以内）。而因为质粒存在于细胞内比较稳定（载体上含有抗生素标记，可以筛选），能够持续表达产生shRNA，然后不断产生新的siRNA，因此维持作用的时间长（可以超过两周）。
另外用质粒还可以同时转入报告基因作为对照，确定质粒确实已经转染进去了。
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