港澳通行证只要有签注，没有被限制入境就可以去香港或澳门，与是不是新办的港澳通行证无关。
已经去了澳门，如果还有香港签注，可以去香港。
如果澳门和香港签注都有，而且没有使用过，可以过澳门，再从澳门去香港，也可以先去香港，再从香港去澳门。
港澳通行证（全称：中华人民共和国往来港澳通行证 ）俗称双程证，是由中华人民共和国公安部出入境管理局签发给中国内地居民因私往来香港或澳门地区旅游、探亲、从事商务、培训、就业、留学等非公务活动的旅行证件。来港澳前，必须取得内地公安部门签发有关来港澳目的签注（如团队旅游、个人旅游、商务或其他签注等）。2014年5月19日，公安部宣布在广东试点启用电子往来港澳通行证；从5月20日开始，广东居民可申领和换发内存有数字化的个人资料和指纹信息的电子通行证，使用口岸自助查验通道实现自助通关。中国公安机关出入境管理部门自2014年9月15日起全面启用电子往来港澳通行证（即2014版往来港澳通行证）。
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