不可以的，您要想注销总公司的话，旗下的分公司必须办理注销，是不能进行保留的。并且根据相关规定，含有分公司的企业在申请公司注销登记时，应当提交分公司的注销登记证明材料，以此证明分公司已经完成注销。因此，总公司申请公司注销时，分公司也要办理注销。
由于分公司是隶属于总公司，其经营发展都跟随总公司；没有自己的独立财产，其所有资产归属于总公司，由总公司统一核算；不具有独立法人资格，因此不能独立承担民事责任。总公司注销后，其营业执照、税务登记证等相关资料也就失去效益。因此不能只注销总公司而保留其分支机构。
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