全县平均海拔300米,紫金县城海拔为140.8米。山脉属粤东莲花山体系,海拔在1000米以上的高山有16座。
武顿,又名乌凸,位于南岭镇南端,与陆河县交界,与文笔峰相邻,是紫金县第一高峰,韩江上游琴江的发源地。主峰海拔1,232.9米。山势雄伟,烟雾缭绕,与文笔峰左右并峙,成为奇观。山上植被:山顶以灌木丛植物为主,山腰有亚热带常绿季雨林分布,中下坡有人工植被。矿藏有钨、锡,还有丰富的野生动植物资源。
乌禽嶂,紫金县第二高峰。地处紫金县南部九树镇边界、惠东县东北部。主峰海拔1,186.2米。自然植被以亚热带次生阔叶林为主,800米以上为散生灌木或草皮;人工植被有杉、松、油茶及山楂等。山上办有国营紫金县东风营采场。矿藏有钨、石英、绿柱石等。自然景观众多、沟壑纵横、地势险要。 紫金县东部为韩江水系,集雨面积占全县面积的22.9%;中、西部为东江水系,集雨面积占全县面积的77.1%。流域面积在100平方公里以上的河流(不含东江)有14条。
东江,经龙川、河源,从紫金县西部边境的临江、古竹两镇边沿流过,流入惠州市惠城区境,紫金县境内流过长54公里。河上一般行驶100吨以下船只,枯水期行驶20吨船只,是紫金县内主要水运航道,沿线有临江港和古竹港。
秋香江,东江一级支流,位于紫金县中部,是县内主要河流。发源于乌石镇犁头寨(海拔648.7米)。自东向西流经乌石、紫城、附城、瓦溪、九和、蓝塘、凤安、好义、古竹9个镇,在古竹镇的榄溪村汇入东江。干流长144公里,流域面积1,669平方公里,其中本县境内为1,590.5平方公里,占全县土地面积的46%。