根据《中华人民共和国耕地占用税暂行条例》(中华人民共和国国务院令第511号)第十四条的规定,占用林地、牧草地、农田水利用地、养殖水面以及渔业水域滩涂等其他农用地建房或者从事非农业建设的,比照本条例的规定征收耕地占用税。
第十三条 纳税人临时占用耕地,应当依照本条例的规定缴纳耕地占用税。纳税人在批准临时占用耕地的期限内恢复所占用耕地原状的,全额退还已经缴纳的耕地占用税。
根据《中华人民共和国耕地占用税暂行条例实施细则》(中华人民共和国财政部 国家税务总局令第49号)第二十二条的规定,条例第十三条所称临时占用耕地,是指纳税人因建设项目施工、地质勘察等需要,在一般不超过2年内临时使用耕地并且没有修建永久性建筑物的行为。
因此,对纳税人临时占用林地2年用于工程建设施工的情况,需先按照耕地占用税适用税额标准到主管税务机关申报缴纳耕地占用税,如在2年内恢复所占用耕地原状的,再按照相关规定到主管税务机关申请退还所缴纳的耕地占用税。