1、军机处在名份上并不是国家的必不可少的正式机构，它更象是总督、巡抚之类封疆大吏的幕府，军机大臣就象是幕僚。幕僚可以在决策中起很大的作用，但它终究只是个“幕僚”而已。而明之内阁是官僚机构与皇帝沟通的必经的一道程序，它与幕僚的区别是，后者是“想问就问，不想问就不问”。2、军机大臣“无权”。“综观军机处的全部活动，它的职掌基本上可归纳为办文牍、备顾问二项。实质上是“皇帝个人的机要秘书部门”而已，内阁的“票拟”大权自然是想也不用想了。而且，没有哪项制度规定军机大臣可以行使某某权力，军机大臣一般都是兼职，他的正式职务可能是某部尚书，那么他的权力就是处理部务，但他并不是在行使军机大臣的职权。一言以蔽之，“军机处虽为政府，其权属于君；若内阁，则权属于臣”。
明朝内阁是明朝建文四年（1402年）至崇祯十七年（1644年）的皇帝咨政机构,此后权力逐渐增大,后形成为明朝行政中枢.内阁辅臣的人数为一人至七人不等,辅臣奉使出外办事,多自称阁部.
起初,内阁大学士只具有顾问身份,皇帝为最终决定的权力,而大学士很少有参决的机会.到明仁宗、明宣宗时期,地位日益受尊崇.自此,内阁的权力日益增大,到明世宗中叶,夏言、严嵩等人执掌内阁,地位赫然为真正的宰相,亦可压制六部.
然而,虽然首席内阁大学士（或称内阁首辅）有票拟的权力,但却不得不依赖于内部太监送达批红[1] .首辅大学士的职权如同以往的丞相,但必须与宦官合作,才能执掌大政,如张居正结合冯保.
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