本质上是XY两条染色体上的基因不同。XY是同源染色体，一般的同源染色体上的基因种类是一样的，但是XY很特殊，上面的基因种类部分一样，而部分不同，其中就有一些控制性别的基因在上面，使得它们成为性染色体。
X染色体与Y染色体具有同源（即相似）的一部分，也具有非同源的一部分。从微观的角度来说，也就是它们的DNA具有差异性，也具有相似性。
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