编设有44个专业科室，其中临床专业科室有广州军区神经外科中心，广州军区创伤骨科中心，广州军区神经内科重点学科，广州军区传染病重点学科（感染内科），广东省自愿戒毒科。另外医院设有心理卫生康复科（精神病、心理康复、老年康复、爱心病区等）、妇产科、显微外科、血透科、X刀肿瘤治疗区、伽马刀肿瘤放疗区，以及心胸、泌尿、烧伤、整形、口腔、眼、耳鼻咽喉头颈外科、高干、心血管、肾、内分泌、呼吸、消化、肿瘤、小儿、高压氧舱、飞行员疗养、潜水员疗养等科室。
