选择番茄嫁接用砧要根据防病的类型、栽培季节等综合进行考虑，具体如下：
（1）要根据所预防的病害种类来确定砧木的类型一般来讲，凡是抗番茄青枯病的砧木往往不抗番茄根腐病，反过来，抗番茄根腐病的砧木则往往不抗番茄青枯病。因此，应根据当地番茄的主要土壤病害种类来确定所要选择的砧木品种类型。（2）要根据番茄的栽培季节来确定砧木的类型就番茄两种主要土壤病害（番茄青枯病和根腐病）的发生条件来看，青枯病主要发生在高温期，而根腐病则主要发生在低温期，两种病害往往很少同时发生。因此，高温期栽培番茄应尽量选抗青枯病的砧木，低温期栽培番茄应尽量选抗根腐病的砧木。（3）要选择对番茄果实不良影响小的砧木一般来讲，砧木的生长势越强，就越容易产生畸形果和空洞果。野生番茄与栽培番茄的杂交一代砧木往往在抗病性和生长势等方面表现出明显的优势，但却存在着容易引起番茄旺长以及导致果实畸形等一系列问题，选择时要注意。
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