A、“观察细胞质壁分离和复原”实验中，不能用根尖分生区细胞代替表皮细胞，因根尖分生区细胞无大液泡，不能渗透吸水，A错误；
B、“用高倍显微镜观察叶绿体和线粒体”实验中，线粒体需要经过健那绿的染色才能观察到，而叶绿体不需要染色，B正确；
C、甲基绿是绿色的，而且溶于水，中“DNA粗提取与鉴定”实验中，加进去甲基绿的结果是无论里面有没有DNA都是绿色的一堆，C错误；
D、在探究酵母菌呼吸方式实验中，使用溴麝香草酚蓝水溶液检测是否产生二氧化碳，使用酸性的重铬酸钾溶液检测是否产生酒精，D正确．
故选：AC．
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