因为sql server和windows都是微软的产品，而且用windows server一般用sql server的多一些，但这不是绝对的，windows server一样可以用mysql、oracle这样的数据库产品。Linux系统上一般会默认安装mysql，对于一些小型的数据库完全胜任，但大型的数据库一般还是回选择oracle。目前微软才放出linux版的sql server，还不是正式版，所以暂时linux上还是用不了sql server的。
熟悉哪个用哪个只要满足站点需求
一般php的都结合mysql
.net用mssql
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