1、词性不同。
“但是”：是连词，用在主语前，为一段话的转折点，紧接着是一个给人惊奇、意想不到话语。
“却是”：是副词，用在主语后，平淡的词组，与主语差不多。
2、句义不同。
“但是”：前面有一件事情已经做了，但是还发生了另外的问题。
“却是”：前面的事情没有做，而反悔。
3、用法不同。
“但是”：只要是，凡是。用在后半句话里表示转折点，与前句连用，用法都是放中间。
“却是”：可以用在句首，说完一段话，可以用这个词来开头。却步（因畏惧或厌恶而后退，如“望而却步”），退却。旧时的 客套话，常与’受之有愧‘连用。
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