医院设置科室有内科（急诊、心内、CCU、ICU、呼吸、消化、神经内、干部病房、内分泌、肾内、血液、老年病专业）等14个医技科近30个检查治疗室和一所科研实验示教中心。
医院大力支持专科特色的发展，如普外一科开展的胆道硬镜下实施微创保胆取石取息肉手术、心内科开展的直立倾斜实验在新疆独树一帜；普外腹腔镜、妇科宫腔镜技术、外科微创手术和断指再植术、心脏介入手术等高精度手术已成熟开展，血液透析和碎石治疗已形成规模，创伤急救和心脑血管疾病急救技术日趋完善。医院骨科、泌尿外科、疼痛科、呼吸科、肾病科、神经内科、康复科、肿瘤科、内分泌糖尿病专科、眼科更是以其特色而吸引众多患者竞相前来治疗。
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