明朝洪武二年(1369年)七月县属山东省布政使司东昌府馆陶县,弘治二年隶属临清州馆陶县以下建制,清朝属东昌府馆陶县.
民国元年,烟店之域属济西道,民国三年(公元1914年)改为东临道馆陶县二区以下建制;民国十七年废道,各县直隶于山东省政府。民国十八年县分八区,属二区管辖。民国二十六年馆陶县包括二区烟店之域属山东省聊城专区。
新中国成立初期,烟店镇隶属河北省馆陶县潘庄区,1952年12月划归山东。1964年农历十二月脱离馆陶划入临清县。 1971年撤区并社成立烟店人民公社,社址由刘烟店西头迁至牛张寨村北。1984年公社改乡。1994年乡改镇。2000年,被省政府批准为中心镇至今。