你的这种情况,我也遇到过,是在2007年5月份吧,当时购货也是没及时认证,已经过了三个月,我收到后直接开了负数发票,然后开正数发票,到2007年7月的时候税务找到我们,说自2007年1月1日后,开红字发票要有通知单,要先申请开具红字发票申请单,有了通知单才能开,当时我就认定,税务有规定又没通知我们单位,我根本就不知道这情况,就直接开了,我就说你们税务局也有原因,没及时通知,后来税务局让我下不为例.
像你这样情况,现在不好办,因为新的规定已经实施一年多了,你没有红字发票通知单,就开票,税务局肯定要追究的，可能会把让你们把票追回来，作进项转出，可能会罚款的。你现在只好和税务局协商，因为我的那情况和你的是一样，都是过了三个月开负数发票的，但我们地方税务局放过我们，没追究责任，说明问题应该可以解决的。
只能找主管国税机关解决,或者是找对方退回红发票作废,要不就要重复纳税了.
现在无法解决了，已经超过90天了
UKEY版增值税系统，如何开具销项负数发票，掌握这几点一次成功
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