医院设有13个临床亚专业科室：眼底病科、斜视与小儿眼病科、青光眼科、视网膜玻璃体病科（含Ⅰ科、Ⅱ科）、角膜病科、眼眶眼肿瘤科、眼整形科、准分子激光科、白内障病科（含Ⅰ科、Ⅱ科）、视光学科和中医眼科。其中视网膜玻璃体病科、角膜病科和白内障病科属省重点学科。特色专科斜视与小儿眼病科是由国际奥比斯和香港渣打银行按照国际标准建设的中国第一个小儿眼病中心，是全国小儿眼科医师培训基地。
