首先，优良的砧木品种应具有容易繁殖的特性，如实生繁殖的砧木应具有较高的结实率，产量高，且具有良好的遗传稳定性，这样获得的种子一致性好，由此种子播种获得的实生苗生长一致，便于嫁接。营养繁殖的砧木同样应具有容易扦插、组培等特点，这样可以获得一定规模的砧木。
其次，应根据当地的气候、土壤等特点选择砧木品种。如南方地区夏季高温多湿，有的地区土壤偏黏，地下水位较高，应选择耐涝性强的毛桃、GF43等砧木；而耐旱、抗寒的山桃则更适宜作为北方寒冷地区的砧木。生长旺盛的桃、扁桃种间杂种GF677可以作为再植桃园的首选砧木，Nemared、Nemaguard等则具有较好的抗线虫能力。
另外，砧木品种应与栽培桃具有良好的嫁接亲和性。如毛樱桃，虽然具有较好的矮化性，但与栽培桃嫁接后容易产生大、小脚现象，而且萌蘖太多，管理起来费时、费工。
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