在临床诊断上，应注意与兔轮状病毒病和兔黏液性肠炎、兔魏氏梭菌病及兔球虫病的鉴别
兔黏液性肠炎发病初期粪便变小，两头尖。粪便包有胶冻状黏液，便秘与腹泻交替发生，后期水泻，但无恶臭味。十二指肠充满泡沫状气体，结肠、直肠可见到多量胶冻样黏液，回肠、盲肠蚓突有出血斑。有的病例肝、心有局灶性坏死点。
兔魏氏梭菌病是一种肠毒血症，病兔腹泻，排褐色水样或带血胶冻样粪便。病死兔盲肠浆膜有出血斑，胃黏膜出血、溃疡等，以病料涂片染色镜检，可看到革兰氏阳性、菌端钝圆的大杆菌，即可与兔轮状病毒病相区别。
感染兔球虫病的病兔一般较瘦弱，临床上有黄疸和贫血症状。剖检可见兔肠黏膜或肝脏表面有淡黄色结节。取结节或肠黏膜压片镜检，可见球虫卵囊，据此可与兔轮状病毒病相区别。
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