抗生素对细菌针对性的攻击，也给了细菌生存的机遇。有些细菌学会了改变自己，让抗生素认为自己不是它要消灭的敌人，从而逃过一劫。一些细菌经过长期的繁衍和进化，对某些外界的不良环境具有天然的抗性，而它们中的耐药基因恰恰可以抵御某些抗生素的抑制作用。某些细菌具有非渗透性的细胞膜，或者缺乏某些抗生素的作用位点，因而对抗生素具备固有的抵抗性。
“超级细菌”就是利用其基因对抗生素的降解作用而形成超强耐药性，从而使绝大部分抗菌药失效。
