A、BBDd×bbDD可以拆分为BB×bb和Dd×DD，BB×bb→F1有1种表现型，Dd×DD→F1有1种表现型，所以BBDd×bbDD→F1表现型种类数是1种，A错误；
B、bbDd×bbDd可以拆分为bb×bb和Dd×Dd，bb×bb→F1有1种表现型，Dd×Dd→F1有2种表现型，比例是3：1，所以bbDd×bbDd→F1表现型种类数=1×2=2，比例是3：1，B错误；
C、bbDD×bbDD可以拆分为bb×bb和DD×DD，bb×bb→F1有1种表现型，DD×DD→F1有1种表现型，比例是1：1，所以bbDD×bbDD→F1表现型种类数1种，C错误；
D、BbDd×BbDd可以拆分为Bb×Bb和Dd×Dd，Bb×Bb→F1有2种表现型，比例是3：1，Dd×Dd→F1有2种表现型，比例是3：1，所以BbDd×BbDd→F1表现型种类数=1×2=2，比例是（3：1）×（3：1）=9：3：3：1，D正确．
故选：D．
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