县政府工作部门副主任科员的任免机关是县委组织部。 县委组织部负责全县县管干部的人事调动和任免工作。在县级一下行政单位，副主任科员即副科相当于县级副局长副主任职务，是县管干部，县政府工作部门副主任科员属于副科级别，应当由县委组织部负责调动任免工作。
