按R基的化学结构：脂肪族氨基酸（甘、丙、缬、亮、异亮氨酸；丝、苏、半胱、甲硫、天冬、谷、赖等)、芳香族氨基酸（苯丙氨酸、酪氨酸、色氨酸）和杂环氨基酸（组氨酸、脯氨酸）3大类。按R基的极性：极性氨基酸和非极性氨基酸。
