方法很多，我列举一下：
1、DOCK程序中有个工具叫sdf2mol2，一听这个名字就知道是将sdf文件转化为mol2的。不过你需要和DOCK官方网站申请DOCK程序。
2、Openbabel或者Babel
这个软件非常好用，不过如果sdf是包含多个分子的文件，转化有些麻烦，需要先将多分子文件拆分成单个分子文件，即一个文件中只有一个分子，然后用babel转化就OK了，当然，可以用循环语句批量转化
上面的两种方法都是免费工具可以实现的，下面的方法就需要商业软件的支持了：
3、Sybyl
在Sybyl中读入sdf文件，生成表格，然后把表格中的分子另存为mol2分子即可。
4、MOE
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