根据雏鸭发病死亡较多，临诊发现有严重下痢，粪便腥臭，泄殖腔周围绒毛有粪便黏附，颤抖和运动失调，最后常因抽搐、角弓反张而死，死后剖检特征是盲肠肿胀，坏死性肠炎，肠内容物呈干酪样等可作出初步诊断。由于沙门氏菌在自然界广泛分布，鸭发病后的症状和病理变化与其他疾病非常相似，致使临床诊断鸭沙门氏菌病很困难。确诊需通过细菌学检验，先进行细菌的分离培养，然后通过凝集试验和生化试验鉴定出沙门氏菌。
