第一类是以DNA分子杂交技术为核心的分子标记常用RFLP标记,即限制性内切酶酶切片段长度多态性(RestrictionFragmentLengthPolymorphism,RFLP)标记这是应用最早的DNA分子标记技术,也称为第一代分子标记产生RFLP的分子基础是DNA中特定酶切位点上碱基对的变异,反映了DNA序列中核苷酸排列顺序的差异利用限制性内切酶消化基因组DNA,形成大小不等数量不同的分子片段,经电泳分离,通过Southern印迹将DNA片段转移至支持膜(尼龙膜或硝酸纤维素膜)上,然后用放射性同位素(P32)或非放射性物质(地高辛荧光素)标记的探针与支持膜上的DNA片段进行杂交,检测不同遗传位点等位变异(多态性),判断DNA样品中是否有与探针同源的片段以及该片段的长度用作RFLP探针的有cDNA探针和gDNA探针两种
第二类是以PCR扩增方法为核心的分子标记,这类分子标记被称为第二代分子标记
RAPD标记,即随机扩增多态性DNA(RamdomlyAmplifiedPolymorphicDNA,RAPD)标记,是20世纪90年代初期发展起来的以PCR为基础的分子标记技术以基因组DNA为模板,以一个随机的寡核苷酸序列(通常为8~10个碱基对)作引物,利用PCR扩增反应,非定点地扩增基因组DNA,产生不连续的DNA产物,然后用凝胶电泳分开扩增片段,检测DNA序列的多态性
第三类标记采用PCR与酶切相结合的方法,常用的是AFLP标记,即扩增的限制性内切酶片段长度多态性(AmplifiedFragmentIengthPolymorphism)标记AFLP标记是选择性扩增基因组DNA酶切片段所产生的扩增产物的多态性,其实质也是显示限制性内切酶酶切片段的长度多态性,只不过这种多态性是以扩增片段的长度不同被检测出来的AFLP方法实际是RFLP和PCR技术的结合,即PCR-RFLP该技术先用1对引物特异性扩增基因组的某一高变区,然后用限制性内切酶消化PCR产物,电泳检测多态性PCR-RFLP分析省去了探针的制备分子杂交等繁琐的过程,DNA需求量也少,大大简化了传统的RFLP技术AFLP是共显性标记,多态性丰富,分辨率高,稳定性重复性好,适用于基因追踪基因定位和构建高清晰度的遗传图谱
第四类是单核苷酸多态性标记(SingleNucleotidePolymorphism,SNP),也被称为第三代分子标记SNP也是以PCR技术为基础的分子标记单核苷酸多态性反映基因组中单个碱基的变化,是基因组中最普遍频率最高的遗传标记不同个体间在基因水平上的单核苷酸变异,平均每1000对碱基出现一个SNP,单个SNP虽然只有两个等位基因,但其高密度弥补这一不足某些位于基因表达序列内的SNP(codingSNP,cSNP),有可能直接影响蛋白质结构或表达水平,鉴别cSNP对于复杂表型性状与基因变异之间的关联分析具有重要意义