随着新一代测序技术的迅猛发展，全基因组测序已经成为细菌基因组研究不可或缺的重要工具。新一代高通量测序 技术大大降低了细菌基因组研究的成本，缩短了研究周期，为越来越多的实验室提供了细菌基因组研究的便利。
根据不同的研究目的和需求，细菌基因组测序可以细分为如下4个产品：
细菌框架图：采用小片段建库，MiSeq深度测序和初步的基因组组装策略，性价比高，满足细菌基因组研究基本需 求。
细菌精细图：采用大片段加小片段建库，HiSeq加MiSeq深度测序和反复优化的基因组组装策略，是目前研究细菌 基因组的主流产品。
细菌完成图：综合利用一代二代甚至三代测序技术，根据菌株具体情况制定最优策略，最终得到一条完整的基因组 序列（1 Scaffold，≤ 3 gaps），是细菌基因组测序组装的最高要求。
细菌重测序：针对已知基因组序列的细菌，采用小片段建库，HiSeq深度测序，后续分析不依赖于组装，关注基因 组变异情况（包括SNP和InDel等），是群体研究的首选。
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