（1）探究实验中，提出的问题、做出的假设和结论最好一致．依据该同学得出的结论，因此做出的假设是：果皮对果实内部有保护作用．
（2））苹果之所以会腐烂，是因为满足了微生物生长繁殖的三个条件：水分、适宜的温度和有机物，微生物迅速生长繁殖导致苹果腐烂．
（3）该同学所设计的实验方案有两个变量：①梨和苹果；②果皮的有无．故不符合对照实验的要求．
（4）生物探究实验是对照试验，对照实验要求只有一个变量，其它因素皆相同．该同学所设计的实验方案有两处明显缺陷，改进方法为：①实验对象应选大小相同，新鲜程度一样的两个苹果或两个梨，而不是一个苹果和一个梨．②把两个水果应分别放入独立的塑料袋中；而不应放入同一个塑料袋中．
故答案为：
（1）果皮对果实内部有保护作用；
（2）微生物； 水分； 适宜的温度．
（3）两．
（4）实验对象应选大小相同、新鲜程度一样的两个苹果（或两个梨）； 把两个水果应分别放入独立的塑料袋中．
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